Die Abteilung Gerichtsstraße wurde 1857 erbaut. Bis Januar 2001 war sie die Hauptanstalt, in der Untersuchungshaft vollzogen wurde. Mit dem Bezug der neuen Anstalt in der Cloppenburger Strasse wurde die Gerichtsstraße eine Abteilung des geschlossenen Vollzuges. Sie verfügt über 81 Haftplätze.
Die Abteilung Nordenham wurde 1912 erbaut. In den Jahren 1993 bis 1999 wurde die Abteilung umfassend modernisiert. Die Abteilung Nordenham verfügt über 50 Haftplätze, davon 44 für Männer und 6 für Frauen.
Die Abteilung Wilhelmshaven wurde 1908 als Marinearrestanstalt erbaut. Mittlerweile ist sie eine Anstalt des offenen Vollzuges und hat 104 Haftplätze. Bis zum 01.05.02 war sie eine selbstständige Anstalt. Im Zuge von Umstrukturierungsmaßnahmen wurde sie der JVA Oldenburg zugeordnet.
Die Abteilung Cuxhaven wurde im Jahr 1905 von der Stadt Hamburg als Gerichtsgefängnis erbaut . Bis zum Jahr 1976 war die Abteilung eine eigenständige JVA. Seit dem 01.09.2004 ist sie nunmehr eine Abteilung des offnen Vollzuges der JVA Oldenburg mit 24 Haftplätzen.